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微生物的培养都是在特定培养基中进行无菌培养，那么无菌培养必然需要超净工作台提供一个无菌的工作环境。
培养箱有多种类型，它的作用在于为微生物的生长提供一个适宜的环境。生化培养箱只能控制温度，可作为一般细菌的平板培养;霉菌培养箱可以控制温度和湿度，可作为霉菌的培养;CO2培养箱适用于厌氧微生物的培养。
天平用于精确称量各类试剂。实验室常用的是电子天平，电子天平按照精度不同有不同的级别。
用于从固体样品中提取细菌。用微生物均质器制备微生物检测样本具有样品无污染、无损伤、不升温、不需要灭菌处理，不需洗刷器皿等特点，是微生物实验中使用较为方便的仪器。
菌落计数仪可协助操作者计数菌落数量。通过放大，拍照，计数等方式准确的获取菌落的数量。有些高性能的菌落计数器还可连接电脑完成自动计数的操作。
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微生物学所用到的大部分实验物品、试剂、培养基都应严格消毒灭菌。灭菌锅也有不同大小型号，有些是手动的，有些是全自动的。用户需要根据自己的需要选购。
液体量器用于精密量取各类液体。常见的液体量器有量筒、移液管、微量取液器、刻度试管、烧杯。
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冰箱是实验室保存试剂和样品必不可少的仪器。微生物学实验中用到的试剂有些要求是4度保存，有些要求是负20度保存，实验人员一定要看清试剂的保存条件，放置在恰当的温度下保存。
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微生物实验中涉及的试剂和样品微生物有些是有毒的，对于操作人员来说伤害较大。为了防止有害悬浮微粒、气溶胶的扩散，可以利用生物安全柜对操作人员、样品及样品间交叉感染和环境提供安全保护。
摇床是实验室常用的一种仪器，在微生物实验操作过程中，液体培养基培养细菌时需要在特定温度下振荡使用。
纯水装置包括蒸馏水器和纯水机。蒸馏水器的价格便宜，但在造水过程中需要有人值守;纯水机价格高些，但是使用方便，可以储存一定量的纯水。纯水使用也有不同的级别，实验中配制试剂，配制培养基均需用纯水。
由于微生物体积较小，所以在观察时需要借助生物显微镜。生物显微镜用于微生物和微小物品结构，形态等的观察。
主要适用于细菌、微生物、酵母等的干燥。用于干燥保存易脱水的产品，在加水以后能够再次恢复原材料的特性，不影响其生物活性等。通过冷冻干燥，细菌之类的材料成为干燥状态，从而不会发生化学改变。
分光光度计在微生物试验中用于测定微生物悬液的浓度，可以正确选取合适的培养时间。一般是在600nm波长测定菌液浓度。
恒温干燥箱是用于灭菌和洗涤后的物品烘干。烘箱有不同的控温范围，用户可以根据实验需求进行选择。例如，有些塑料用具只能在42-45℃的烤箱中进行烘干，一般玻璃用具的烘干可以选择60℃。
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水浴锅是一种控温装置，水浴控温对于样品来说比较快速且接触充分。有些微生物反应需要在37度，42度，56度下水浴进行，所以恒温水浴锅可以提供需要的温度。
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用于配置试剂时精确测量PH值，从而保证配置的溶液的精确性。有时也需要利用pH计测定样品溶液的酸碱度。
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用于收集微生物菌体以及其他沉淀物。离心机有冷冻和常温之分。有些样品由于在常温下不太稳定，需要低温环境，要视样品的种类而定。
液氮罐储存液氮，可用于细菌、酵母、霉菌和大型真菌等各种微生物的长期保存。以上介绍的是微生物实验室的基本仪器配置，在组建实验室时还需要其他一些耗材，例如酒精灯，试管架，三角瓶，量筒，玻璃试管，灭菌吸管，凉干架，剪刀，镊子，脱脂棉，纱布，试管筐，无菌采样及称样袋，接种环，过滤器等。实验人员可以根据自己的不同行业需求为微生物实验室配置合适的仪器和耗材。
